Исчезновение Юки Нагато

События разворачиваются в альтернативной реальности, где не существует ни Организации, ни пришельцев, ни таинственного Данзай-клуба. Застенчивая и тихая Юки Нагато — просто одноклассница Кёна, обычная ученица старшей школы, которая тайно влюблена в него. Вместе со своей жизнерадостной подругой Рёко Асакурой она состоит в литературном клубе, где они вдвоем проводят время за чтением книг. Их спокойную жизнь нарушает появление очаровательной и непредсказуемой Микуру Асахины, которая сразу же привлекает внимание Кёна.

Сюжет сосредоточен на попытках Юки признаться в своих чувствах, преодолевая собственную робость и неуверенность. Ее путь к сердцу Кёна полон неловких ситуаций, милых недоразумений и трогательных моментов, которые составляют суть этой романтической комедии. В отличие от оригинальной вселенной, здесь нет места глобальным угрозам и космическим тайнам, только искренние переживания подростков, их первая любовь и трудности взросления, показанные через призму хрупкого мира главной героини.